L'oesophagite guérit le plus souvent avec le traitement. Les complications, rares, mais possibles sont :
- l'ulcère de l'œsophage, source potentielle d'hémorragie digestive ;
- la sténose peptique, rétrécissement permanent qui gêne profondément l'alimentation ;
- l'œsophage de Barett (endobrachyoesophage) aec transformation de la muqueuse oesophagienne en muqueuse gastrique, ce qui favorise à long terme la survenue éventuelle d'un cancer de l'œsophage.